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每個超凈實驗室房間的回風量應按10000級、1000級、100級的不同環境進行設計，室內氣流組織采用自上而下送風的方式(百層區自上而下層流送風)。送風經末端高效過濾器過濾后送至室內，回風通過側墻出風口返回空調機組。同時考慮回風過濾網材質。回風管道應防止酸堿腐蝕，尤其是氫氟酸腐蝕。

超凈實驗室的設計應綜合考慮機柜排風、室內漏風和新風補充，滿足室內環境要求。更衣室入口和綜合分析室入口可自動關閉。超凈實驗室應預留設備門，所有室內門應考慮設備的出入口。

超凈間室外新風進入室內需要經過粗、中、次、過濾，在新風出口安裝過濾網，防止雜物進入;超凈實驗室的補充風量應充分考慮潔凈室各機柜的**大排風量和門口的漏風量，以保障潔凈室的正壓運行，防止粉塵的交叉污染。

在超凈實驗室風機的設計中，初效和中效過濾裝置應考慮備用設計，以便在出現故障時更換和啟動。夏季空調機組的除濕效果應該達到50%RH。

超凈實驗室內的水、電、氣、風、溫度、濕度、壓差等參數都可以通過操作面板進行監控和調節。操作面板應設置在實驗室便于操作和監控的區域。可自動記錄風速、風量、壓差、溫濕度等數據并保存上傳至實驗室管理系統。

實驗室的所有管道和空調機組應設計有額外的減振裝置和措施，以避免運行時的振動和噪音，減少運行環境對儀器和人員的影響。

超凈實驗室不同**潔凈區之間的靜壓差不小于15Pa，潔凈區與非潔凈區之間的靜壓差不小于10Pa。